Вдале географічне розташування міста зумовило розвиток у регіоні транспортної мережі.

Транспортний комплекс є важливою складовою у структурі економіки міста, яка включає в себе комплекс вантажних та пасажирських перевезень. Місто - важливий залізничний вузол. Саме залізничним транспортом сьогодні виконується 92,4% усіх вантажних перевезень міста. У 2005 році Конотопською дирекцією Південно-Західної залізниці було відправлено 1137,1 тис. тонн вантажів. Вантажні перевезення здійснюють Конотопська дирекція Південно-Західної заліз ниці, автотранспортні підприємства ВАТ «Конотопавтотранс-15961», ДП «Транссервіс», ТОВ «Ремавтокомплекс-сервіс» та приватні підприємці.

Створення в місті конкурентного середовища на ринку послуг з перевезення пасажирів автомобільним транс портом та сприяння його розвитку здійснюється на конкурсних засадах. В результаті значно розширилася міська автотранспортна мережа, яка на сьогодні налічує 16 маршрутів. Маршрути обслуговують 7 перевізників, в тому числі КП «Конотопське трамвайне управління» та 6 приватних перевізників.

На маршрутах транспорту загального користування працюють 65 одиниць автомобільного транспорту. У 2005 році послугами автомобільного транспорту скористались 6,0 млн. пасажирів, що на 30,2% більше, ніж у 2004 році.

Крім автобусів, послуги з перевезень пасажирів та їх багажу здійснюють 7 служб таксі. Місто Конотоп - одне з небагатьох в Україні, де існує власний електротранспорт, а саме - трамвай, який є екологічно чистим та зручним видом громадського транспорту. У 2004 році Конотопський трамвай від значив 55-річний ювілей.