Конотоп має давні спортивні традиції. Саме в спортивних залах міста виріс Михайло Маміашвілі - чемпіон Олімпійських ігор 1988 року з греко-римської боротьби та багато разовий чемпіон світу. Тут були створені і працюють спортивні федерації футболу, волейболу, баскетболу, боксу та тайського боксу, шахів, пауерліфтингу, стендової стрільби, карате до, тхейквондо, картингу, мотокросу.

У 2005 році відновило свою роботу фізкультурно-спортивне товариство «Спартак», яке за лучило до фізкультурно-спортивної діяльності понад 20 підприємств та установ міста.

У місті також працюють дві дитячо-юнацькі спортивні школи, в яких навчаються понад 1500 дітей різного віку та статі на відділеннях футболу, баскетболу, гандболу, лижних гонок, греко-римської боротьби, легкої атлетики, настільного тенісу, боксу, тхейквондо.

У 2005 році був створений міський центр фізичного здоров'я населення (МЦФЗН) «Спорт для всіх». Затверджена міська програма роз витку масового спорту за місцем проживання та в місцях масового відпочинку населення.

На сьогодні до складу міського центру входить п'ять спортивних клубів за місцем проживання та міський шаховий клуб. Створено 20 спортивних секцій з 7 видів спорту (футбол, баскетбол, волейбол, настільний теніс, дартс, шахи, бодібілдінг), З групи здоров'я за місцем проживання, до занять фізичною культу рою та спортом залучено понад 400 чоловік різних верств населення, з якими займаються 5 спеціалістів МЦФЗН «Спорт для всіх». Міським центром «Спорт для всіх» започатковано проведення спортивних змагань у мікрорайонах міста з різних видів спорту та у різних вікових групах.

Міський центр ФЗН «Спорт для всіх» бере активну участь у Всеукраїнських фізкультурно-оздоровчих заходах, а саме в проведенні місячника «Спорт для всіх - спільна турбота», Все української велоестафети «Єднаємо Україну в русі», масових заходах «Рух заради здоров'я», спортивних заходах з нагоди Міжнародного дня людей похилого віку.

У 2005 році міський центр «Спорт для всіх» брав участь у шести обласних фінальних змаганнях, на яких виборов чотири перших місця (міні-футбол, пляжний волейбол, настільний теніс, дартс) та два третіх місця (шахи, шашки). В загальнокомандній першості області серед міських центрів «Спорт для всіх» Конотопський центр «Спорт для всіх» посів перше місце.

У 2006 році міським центром «Спорт для всіх» проведено 18 спортивно-масових та оздоровчих заходів (змагання з дворового хокею, з лижних гонок, турнір з міні-футболу, змагання з настільного тенісу, міські змагання «Мама, тато, я — спортивна сім'я», змагання для дітей - учнів спеціалізованих закладів «Ти зможеш, якщо я зміг», змагання з авіамоделізму та з дворового волейболу, пляжного волейболу, пляжного футболу, міжтабірна спартакіада), в яких взяли участь понад дві тисячі мешканців міста різних вікових категорій.

Шість спортсменів Конотопа входять до складу національної збірної України, понад ЗО спортсменів входять до складу збірної Сумської області.

У 2005 році міська футбольна команда «Шахтар» завоювала Суперкубок області.

У Конотопі створено вагому спортивну базу: понад 100 спортивних об'єктів та споруд. В 2006 році на базі міського палацу культури планується відкриття спортивно-оздоровчого центру. Загалом у місті оздоровчо-фізкультурною роботою охоплено понад 13 тисяч мешканців.